В.П. Казначеев передал в дар свой личный архив, состоящий из рукописей, машинописных текстов, фотоальбомов, переписки и других документов. Общий объем архива составляет более 4 000 документов. Самый старый документ датирован 1905 годом и относится к истории семьи академика. Также в архиве сохранились несколько первых научных трудов Казначеева, датируемых 1950–1960 годами. Оригинальные фотографии, хранящиеся в личном фонде академика В.П. Казначеева, отражают историю и повседневную жизнь Сибирского отделения Академии медицинских наук СССР и Института клинической и экспериментальной медицины. Особое место занимают воспоминания В.П. Казначеева, записанные им на аудиопленку. Также на плёнку записывались интервью и некоторые беседы с коллегами ученого.
Сегодня НГОНБ, являясь хранителем бесценного архивного фонда, готовит избранные документы к оцифровке и размещению в Электронной библиотеке.